BIOSでは起動時にどこからシステムを読み込むか、あるいはどの順番でシステムを読み込むか、を設定することが出来るそうです。
OSがインストールされているPCならば、起動時には本来HDDからシステムを読み込むべきなのですが、BIOSの設定いかんでは、HDDよりも先にCDドライブやFDドライブにシステムを探しに行ってしまいます。これが時間のロスになるのです。
こういうときは起動の順番を変えてやれば、起動のスピードが早くなるようです。
……ようです、とか、そうです、とかばっかりで煮え切らないエントリになってしまいましたね。断定できるだけの経験と知識が欲しいものです。